Placé sous l'autorité du Préfet de Région, SIGENA est piloté par le Secrétaire Générale aux Affaires Régionales (SGAR) dans le cadre du Comité de l'Administration en Région (CAR).

Son organisation et son fonctionnement sont définis dans la
Charte d'utilisation et de fonctionnement de la plate-forme (en phase de mise de mise à jour).

Ils reposent sur :

- un comité de pilotage
  présidé par le Préfet de région ou son représentant et composé des adhérents financiers
  Rôles et composition du Comité de coordination et du Comité de pilotage
   (en phase de mise de mise à jour).

- un centre de ressources
  piloté par la DREAL Nouvelle Aquitaine, animatrice du portail SIGENA
  centre de ressources