Une fois les grandes caractéristiques du plan, du programme, du projet, connues, une démarche d'évaluation environnementale se déroule en trois grandes étapes.
Au fur et à mesure de la démarche, des solutions alternatives apparaissent et sont étudiées. Progressivement, le degré de précision de l'analyse s'affine selon les besoins : c'est le principe de proportionnalité de l'évaluation qui s'exprime. Ainsi, le besoin de mieux connaître certaines caractéristiques spécifiques de l'environnement peut apparaître au cours de la démarche.
Ainsi, les variantes étudiées, les choix retenus et leurs justifications découlent naturellement de cette démarche itérative.