En lien avec la façade atlantique et la topographie de la région, les marais et les îles présentent un patrimoine naturel très important car spécifique.

Le plus célèbre, le Marais Poitevin, s'étend sur environ 112 000 ha en Poitou-Charentes et en Vendée. On peut y trouver un grand nombre d'espèces prioritaires (86 espèces dont 61 oiseaux). Les Marais de Rochefort, non moins célèbres, hébergent en particulier l'Esturgeon européen (Acipenser sturio) pendant une de ses étapes migratoires.

Les îles d'Oléron et de Ré concentrent les richesses des milieux littoraux, avec respectivement 47 et 17 espèces d'intérêt communautaire (sur les sites Natura 2000 correspondants). Le littoral lui-même présente une grande richesse faunistique et floristique.

 

La Vallée de la Charente :

Certaines vallées alluviales de la région font état d'un patrimoine naturel très riche. C'est notamment le cas de la quasi-totalité de la vallée de la Charente et de ses affluents, au sein de laquelle on a pu recenser des espèces déterminantes pour la région et notamment l'emblématique Vison d'Europe.

 

Les oiseaux des plaines céréalières :

La présence sur le territoire régional de certains oiseaux emblématiques s'appuie sur l'existence de grandes plaines. C'est notamment le cas de l'Outarde canepetière, dont la région héberge la majorité de la population migratice qui subsiste en France.

 

Les brandes du Poitou :

Apparues suite à une sur-exploitation forestière il y a quelques siècles, les brandes (en référence au nom commun de la bruyère Erica scoparia) constituent des milieux ouverts variés au sein desquels vivent entre autres certains Busards déterminants (Busard cendré et Busard Saint-Martin).