La dégradation de la connectivité écologique
Les espèces animales et végétales qui peuplent le milieu naturel régional ont besoin d'espaces fonctionnels pour se maintenir et participer aux services rendus par les milieux naturels. Pour cela, elles ont besoin d'être "connectées" entre elles, et en nombre suffisant (brassage génétique...). De plus, certains espèces animales ont besoin de pouvoir accéder à des aires d'alimentation, parfois distinctes de leurs aires de reproduction. La préservation de la biodiversité doit nécessairement prendre en compte la fonctionnalité des populations animales et végétales.
Cependant, si la densité des réseaux de transport terrestre peut potentiellement générer de nouvelles coupure, l'intensité du trafic reste souvent une composante majeure de la perméabilité de ces infrastructures.
A une échelle plus locale, l'urbanisation peut également couper certains corridors écologiques importants (impacts des clôtures, des bâtiments...). Par exemple, une urbanisation linéaire selon les voies de circulation peut renforcer de façon importante l'effet de coupure déjà induit par cette route. De même, l'extension de l'urbanisation sur des zones ayant un rôle fonctionnel important pour certaines espèces (urbanisation à proximité de cours d'eau utilisés par des espèces sensibles au dérangement...) contribue également à dégrader la connectivité écologique du territoire.
La connectivité écologique est également liée à d'autres thématiques environnementales. Par exemple, l'évolution de l'usage des terres agricoles ou la régression des haies champêtres, qui constituent des corridors écologiques, peuvent constituer également une pression sur le paysage (voir Paysages).
Les continuités hydrauliques
La présence d'ouvrages sur, ou à proximité, des cours d'eau peut dégrader la connectivité écologique du milieu aquatique, et compromettre la libre circulation aquatique des espèces, ou le bon déroulement du transport naturel des sédiments.
Si l'importance de cette continuité est évidente pour les poissons migrateurs (ex : Anguille européenne, Alose, Truite de mer...), d'autres espèces "non migratrices" ont besoin de cette continuité pour accomplir leur cycle de vie (Brochet, Truite fario, Vison d'Europe, Loutre...).