La biodiversité régionale et les milieux naturels qui l'hébergent sont en premier lieu dégrader au travers de la destruction des habitats par la modification, souvent radicale, des conditions écologiques du site.

Pour pouvoir se maintenir, de nombreuses espèces ont besoin de pouvoir se déplacer au sein des milieux naturels. La connectivité écologique, essentielle au fonctionnement des écosystèmes, peut être dégradée par les constructions humaines : autoroutes, barrages, clôture.

Enfin, les espèces envahissantes, souvent introduites sur le territoire par les activités humaines, constitue une pression qui, entre autres, concurrence des espèces locales parfois menacées...